量化細(xì)胞過程如何產(chǎn)生組織動(dòng)力學(xué)多尺度分析系統(tǒng)

長(zhǎng)期延時(shí)實(shí)驗(yàn)中的細(xì)胞分割和跟蹤已成為了解組織形狀變化如何從組成細(xì)胞的復(fù)雜編排中出現(xiàn)的有力方法。 然而，存儲(chǔ)和查詢這些實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生的大型數(shù)據(jù)集的方法并未廣泛使用。

 此外，近開發(fā)的將組織形狀變化與細(xì)胞動(dòng)力學(xué)相關(guān)聯(lián)的方法由于其技術(shù)復(fù)雜性尚未被生物學(xué)家廣泛應(yīng)用。 

細(xì)胞在發(fā)育過程中相互作用、分裂、重新排列和改變形狀以構(gòu)建器官。現(xiàn)代顯微鏡和計(jì)算機(jī)技術(shù)可以跟蹤活生物體中整個(gè)器官的每個(gè)細(xì)胞。

然而，要了解細(xì)胞的復(fù)雜編排如何導(dǎo)致器官形狀良好，研究人員需要工具來幫助存儲(chǔ)和分析生成的大量數(shù)據(jù)。還需要工具以簡(jiǎn)單靈活的方式可視化和量化復(fù)雜的細(xì)胞行為。

在其發(fā)育過程中，果蠅的翅膀被分成不同的區(qū)域，這些區(qū)域被稱為靜脈的管狀支撐物隔開。在發(fā)育早期，靜脈細(xì)胞與相鄰細(xì)胞無法區(qū)分，

但在后期階段，靜脈細(xì)胞會(huì)變成不同的形狀。靜脈也變得更窄，這被認(rèn)為是由于靜脈細(xì)胞數(shù)量下降所致。然而，尚未詳細(xì)研究細(xì)胞引起這些變化的行為方式。

flexcellminer設(shè)備用于數(shù)據(jù)庫(kù)格式，用于存儲(chǔ)變形上皮組織的細(xì)胞連通性和幾何信息，以及用于查詢它和執(zhí)行多尺度形態(tài)發(fā)生分析的計(jì)算工具。用于二維上皮動(dòng)力學(xué)分析。它使生物學(xué)家和物理學(xué)家能夠以快速、簡(jiǎn)單和靈活的方式量化細(xì)胞狀態(tài)特性和細(xì)胞動(dòng)力學(xué)、它們的空間模式和它們的時(shí)間演化。它還有助于比較組織內(nèi)部和組織之間的數(shù)量。

flexcellminer能夠使用戶能夠存儲(chǔ)大量關(guān)于細(xì)胞的數(shù)據(jù)并分析細(xì)胞如何共同塑造器官。然后使用該系統(tǒng)識(shí)別翅膀發(fā)育后期的靜脈細(xì)胞，

并及時(shí)向后跟蹤它們以揭示它們?cè)谠缙陔A段的位置。這表明靜脈變得更窄和更長(zhǎng)，因?yàn)闃?gòu)成靜脈的細(xì)胞比其他區(qū)域的細(xì)胞收縮得更多。

然后使用flexcellminer顯示靜脈細(xì)胞特別重新排列和伸長(zhǎng)以產(chǎn)生更薄的區(qū)域，而細(xì)胞數(shù)量由于細(xì)胞分裂而略有增加。這些結(jié)果表明，

負(fù)責(zé)使靜脈伸長(zhǎng)和變窄的細(xì)胞行為可能與之前假設(shè)的不同。

flexcellminer可用于未來的研究，以幫助理解影響細(xì)胞在翅膀發(fā)育過程中如何在靜脈中表現(xiàn)的分子信號(hào)。該工具包現(xiàn)在還可用于探索其他生物體其他器官發(fā)育所涉及的變化。

量化細(xì)胞過程如何產(chǎn)生組織動(dòng)力學(xué)多尺度分析系統(tǒng)

長(zhǎng)期延時(shí)實(shí)驗(yàn)中的細(xì)胞分割和跟蹤已成為了解組織形狀變化如何從組成細(xì)胞的復(fù)雜編排中出現(xiàn)的有力方法。 然而，存儲(chǔ)和查詢這些實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生的大型數(shù)據(jù)集的方法并未廣泛使用。

 此外，近開發(fā)的將組織形狀變化與細(xì)胞動(dòng)力學(xué)相關(guān)聯(lián)的方法由于其技術(shù)復(fù)雜性尚未被生物學(xué)家廣泛應(yīng)用。 

細(xì)胞在發(fā)育過程中相互作用、分裂、重新排列和改變形狀以構(gòu)建器官�，F(xiàn)代顯微鏡和計(jì)算機(jī)技術(shù)可以跟蹤活生物體中整個(gè)器官的每個(gè)細(xì)胞。

然而，要了解細(xì)胞的復(fù)雜編排如何導(dǎo)致器官形狀良好，研究人員需要工具來幫助存儲(chǔ)和分析生成的大量數(shù)據(jù)。還需要工具以簡(jiǎn)單靈活的方式可視化和量化復(fù)雜的細(xì)胞行為。

在其發(fā)育過程中，果蠅的翅膀被分成不同的區(qū)域，這些區(qū)域被稱為靜脈的管狀支撐物隔開。在發(fā)育早期，靜脈細(xì)胞與相鄰細(xì)胞無法區(qū)分，

但在后期階段，靜脈細(xì)胞會(huì)變成不同的形狀。靜脈也變得更窄，這被認(rèn)為是由于靜脈細(xì)胞數(shù)量下降所致。然而，尚未詳細(xì)研究細(xì)胞引起這些變化的行為方式。

flexcellminer設(shè)備用于數(shù)據(jù)庫(kù)格式，用于存儲(chǔ)變形上皮組織的細(xì)胞連通性和幾何信息，以及用于查詢它和執(zhí)行多尺度形態(tài)發(fā)生分析的計(jì)算工具。用于二維上皮動(dòng)力學(xué)分析。它使生物學(xué)家和物理學(xué)家能夠以快速、簡(jiǎn)單和靈活的方式量化細(xì)胞狀態(tài)特性和細(xì)胞動(dòng)力學(xué)、它們的空間模式和它們的時(shí)間演化。它還有助于比較組織內(nèi)部和組織之間的數(shù)量。

flexcellminer能夠使用戶能夠存儲(chǔ)大量關(guān)于細(xì)胞的數(shù)據(jù)并分析細(xì)胞如何共同塑造器官。然后使用該系統(tǒng)識(shí)別翅膀發(fā)育后期的靜脈細(xì)胞，

并及時(shí)向后跟蹤它們以揭示它們?cè)谠缙陔A段的位置。這表明靜脈變得更窄和更長(zhǎng)，因?yàn)闃?gòu)成靜脈的細(xì)胞比其他區(qū)域的細(xì)胞收縮得更多。

然后使用flexcellminer顯示靜脈細(xì)胞特別重新排列和伸長(zhǎng)以產(chǎn)生更薄的區(qū)域，而細(xì)胞數(shù)量由于細(xì)胞分裂而略有增加。這些結(jié)果表明，

負(fù)責(zé)使靜脈伸長(zhǎng)和變窄的細(xì)胞行為可能與之前假設(shè)的不同。

flexcellminer

通過結(jié)合蕞xian進(jìn)的數(shù)據(jù)挖掘工具，提供了存儲(chǔ)和分析交織對(duì)象的大型數(shù)據(jù)集的通用策略。 

它允許在多個(gè)尺度上量化和可視化上皮形態(tài)發(fā)生——從單個(gè)細(xì)胞到整個(gè)組織。 它提供通用數(shù)據(jù)庫(kù)格式和多平臺(tái)工具包來查詢和可視化數(shù)據(jù)并量化細(xì)胞對(duì)大規(guī)模上皮變形的貢獻(xiàn)。

flexcellminer被設(shè)計(jì)成多功能和可擴(kuò)展的。 我們提供的數(shù)據(jù)庫(kù)格式標(biāo)準(zhǔn)化了跟蹤單元格數(shù)據(jù)的組織，并將所有數(shù)據(jù)收集到每部電影的單個(gè)文件中。

 這種標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)格式有助于不同來源之間的數(shù)據(jù)共享，從而提高跨實(shí)驗(yàn)室的可重復(fù)性。 由于數(shù)據(jù)庫(kù)存儲(chǔ)有關(guān)細(xì)胞和細(xì)胞接觸的位置信息，以及細(xì)胞鄰居拓?fù)洌?/span>

它也可用于通過頂點(diǎn)模型或其他物理網(wǎng)絡(luò)模型參數(shù)化上皮重塑模擬。 我們的關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)的方案是可擴(kuò)展的：?jiǎn)卧�、鍵和頂點(diǎn)的附加屬性可以附加到數(shù)據(jù)庫(kù)而不影響表之間的關(guān)系。 

因此，我們當(dāng)前查詢數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢工具仍然有效，即使數(shù)據(jù)庫(kù)擴(kuò)展了單元、鍵和頂點(diǎn)的新屬性也是如此。

亮點(diǎn)：

一、可視化細(xì)胞分裂模式

定向組織形態(tài)發(fā)生可能反映細(xì)胞分裂的數(shù)量、方向和時(shí)空模式。flexcellminer提供了多種工具來可視化這些事件

二、可視化細(xì)胞連接動(dòng)力學(xué)

三、組織變形的量化和不同細(xì)胞事件的貢獻(xiàn)

雖然量化細(xì)胞事件（如伸長(zhǎng)、重排、擠壓和分裂）的數(shù)量和方向很有用，但這本身并不能提供有關(guān)每種事件引起的組織形狀變化量的定量信息。該系統(tǒng)測(cè)量由這些細(xì)胞過程引起的變形，使它們與測(cè)量的組織變形相加

四、使用計(jì)算機(jī)生成的細(xì)胞驗(yàn)證組織變形測(cè)量

詳細(xì)請(qǐng)聯(lián)系我們 18618101725，謝謝